La CAE est un établissement public, placé sous la responsabilité d’un conseil d'administration dont la composition est la suivante :
- le président qui est nommé par le Grand-Duc,
- quatre représentants des syndicats des salariés les plus représentatifs sur le plan national, à savoir : Confédération Générale de la Fonction Publique (CGFP), Confédération syndicale indépendante du Luxembourg (OGBL) et Confédération Luxembourgeoise des Syndicats chrétiens (LCGB),
- trois représentants des chambres professionnelles patronales à savoir: Chambre de commerce, Chambre des métiers et Chambre d’agriculture et un représentant des professions libérales,
- de deux représentants du ministre ayant la Famille dans ses attributions et
- d’un représentant du ministre ayant le Budget dans ses attributions.
A part le président, les membres du conseil d'administration sont désignés pour une durée de 5 ans par le Ministre ayant la famille dans ses attributions parmi les candidats à présenter par les organisations et chambres concernées. Le conseil d'administration gère la caisse (nomination du personnel, décisions de principe, décisions définitives dans les affaires de prestations et de cotisations, projet de budget, compte d'exploitation, bilan etc).
Le président du conseil d'administration représente la caisse judiciairement et extrajudiciairement. Il assure la direction administrative de la caisse et exerce le pouvoir disciplinaire à l’égard du personnel. Dans les votes du conseil d'administration sa voix prévaut en cas de partage.
Administrativement, la CAE s’organise en 4 directions :
- La direction du Traitement des Prestations
- La direction de la Maîtrise des Prestations
- La direction de l'Administration générale
- La direction de la Coordination Informatique